The human city of Zion defends itself against the massive invasion of the machines as Neo fights to end the war at another front while also opposing the rogue Agent Smith.

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

某夜，一场大战刚刚结束，战败的武士（大泽隆夫 饰）仓皇逃亡，躲进一座荒山古庙之中。很快他便发现，这里并非他一人，另有一个自称“荒神”的男子（加藤雅也 饰）隐居于此。荒神武艺高强，传说其前身正是剑圣宫本武藏。他治好了武士的刀伤，与之相对而饮，并请求武士杀了他。面对这位独孤求败的神秘男子，武士将信将疑拿起手中的刀…… 北村龙平作品，本片是DUEL（对决）计划中的一部，另一部是由堤幸彦执导、野波麻帆 和小池栄子主演的《两居室（2LDK）》。